Yo tambien eh usado varias veces el gestor sin presentar alguna perdida de equipo, tendria que presenciarlo yo mismo para llegar a creer que de verdad desaparecen sin tener bolsas llenas.
Lo mas probable es que sea un problema de la base de datos, cada vez que cambias algo de tu equipo se actualiza la base de datos, de la tabla del personaje el item es movido a la tabla de bolsa, cambiar muchos a la vez no deberia darle problema.
Pero parece que el problema es que no actualiza el cambio correctamente, los datos estan en la tabla pero el jugador no los ve en el juego.
Y por lo poco que pude entender, este problema se da aun sin usar el gestor pero siempre y cuando hagan un cambio en el equipo y justo antes, durante o despues hagan algo que requiera un save, relogear, entrar a instancia, usar portal, etc...